Школа микробиома. Модуль 1

День 1 Спикер: Галимова Ольга Вводная часть: Краткий исторический экскурс: от понятия патогенности к симбиозу Основные термины и дефиниции. «Второй геном» человека Биология микробиоты: что нужно знать клиницисту Функции микробиоты: метаболическая функция синтез эссенциальных нутриентов защита от патогенов регуляция иммунитета другие функции Факторы, влияющие на микробиоту: возраст, диета, антибиотики, стресс и другие Программирование микробиоты у плода. Первые 1000 дней жизни человека. Различные экологические ниши микробиоты в организме человека. Кишечная микробиота. Особенности бактериома, вирома, микома и археома. Энтеротипы микробиоты. Строение кишечного барьера и бактериальной биопленки. Спикер: Гизингер Оксана: Ось “микробиота-иммунитет”: Анатомический контекст: GALT (ассоциированная с кишечником лимфоидная ткань) — самая большая концентрация иммунных клеток в организме. Механизмы взаимодействия микробиоты и иммунной системы. Роль КЦЖК, желчных кислот. Обучение и «воспитание» иммунитета: Роль микробиоты в формировании иммунитета у новорожденных. Различие между «стерильными» организмами (germ-free) и нормальными: недоразвитие иммунной системы. Распознавание «свой-чужой»: PRRs (рецепторы распознавания паттернов): роль TLR, NOD рецепторов. Селективная толерантность: почему иммунная система не атакует симбионтов. Понятие иммунотолерантности. Клеточный (Treg, Th17) и гуморальный (sIgA) уровни регулирования микробиотой иммунного ответа организма. Ось «Микробиота и Нейро — Иммунно — Эндокринная система» Спикер: Филатова Гульнара Воспаление как интегративный дирижер: Микробиом и системное воспаление Проницаемость кишечного барьера (leaky gut) Метаболиты микробиоты: от КЦЖК до токсинов Ось "кишечник-мозг-иммунитет" Микробиом как модулятор воспалительного ответа Инструменты — как оценить вклад микробиома с воспалением, как интегрировать с другими анализами, коррекция Спикер: Ольга Галимова Обзор методов диагностики микробиоты у взрослых и детей. (экспертная аналитика): все используемые в клинической практике методы оценки количественного и качественного состава (культуральные, 16-S рРНК, метагеномное секвенирование, FISH, ПЦР (фемофлор/колонофлор/энтерофлор дети и др) оценка метаболитов: МСМ микробных маркеров, дыхательные тесты, биохимический анализ кала на определение КЦЖК, органические кислоты в моче. аналитика доступности методов, представленных на мировом рынке, существуют ли предпочтения в выборе метода при различных нозологиях. Помощь практикующему врачу в выборе. особенности диагностики микробиоты в педиатрии Спикер: Романов Вячеслав Лабораторные методы диагностики в различных биотопах - современное состояние, возможности применения. День 2 Спикер: Ловцевич Сергей Масс – спектрометрия микробных маркеров в практике клинической, превентивной и интегративной медицины.

1. История развития метода Масс – спектрометрия микробных маркеров · Масс – спектрометрия как новая технология открывшая возможность развития метода. · Применения хроматографии и масс – спектрометрии в определении микроорганизмов мировой опыт. Р · Развитие технологии масс – спектрометрии микробных маркеров Российскими учеными.
2. Масс – спектрометрии микробных маркеров как Метаэкспосомный анализ в исследовании Метаболома человека. · История развития изучения микроорганизмов. · Метаболом новые подходы новые термины. · Значение изучения Метаэкспосома в системе изучения Метаболома человека.
3. Значение Метаэкспосома в развитии различной патологии. · Как правильно понимать значение Масс – спектрометрии микробных маркеров в практике. · Важность применения исследования в разных клинических и доклинических технологиях.
4. Работа с бланком анализа выполненного в соответствии с медицинской технологией. Оценка микроэкологического статуса человека методом Хромато - масс – спектрометрии микробных маркеров ФС 2010/038 от 24 февраля 2010 г. (подробный разбор бланка).
5. Обсуждение бланка теста, разработанного совместными усилиями ученых, клиницистов и экспертов Лаборатории микробной хроматографии с использованием метода газовой хроматографии-масс-спектрометрии.
6. В чем принципиальная разница между существующими подходами оценки микробиоты методом масс – спектрометрии в клинической практике. · Кто сегодня выполняет метод анализ масс-спектрометрии микробных маркеров в России. · Перечень микроорганизмов разных бланков. Спикер: Безродный Святослав Клинический кейс по использованию МСММ Спикер: Цветикова Софья Сравнение технологий исследования микробиома: Классическая микробиология vs NGS-секвенирование Новое поколение: 16S рРНК vs метагеномное секвенирование vs метаболомика. Про эстрогены. Проблема восприятия секвенирования в России. Ограниченное количество коммерческих лабораторий. Особенности обработки сырых данных. Что такое shotgun секвенирование? Особенности технологии секвенирования и обработки данных. Разновидности — shallow shotgun (lowWGS) и полный (глубокий) WGS Технические возможности и ограничения двух разновидностей:

• ширина таксономии — анализ вирусов, грибов, архей, бактерий
• глубина таксономии — до какого уровня доходим (виды)
• оценка метаболического потенциала
• оценка резистома (гены устойчивости к антибиотикам) Вывод — зависимость от типа алгоритмов и обработки данных. Важна клиническая применимость Анализ рынка — в РФ только Сербалаб, как выглядит их отчет (просто список всего, что нашлось). В Европе и США другие компании, используют ИИ для обработки. Сравнение 16S и WGS — где сильные и слабые места двух технологий. Ключевой вывод — за WGS будущее, но важно, как интерпретируются данные поставщиком услуги. Спикер: Чухрова Евгения Правила корректной интерпретации данных о составе микробиома: Интерпретация экспертом vs. автоматизация интерпретации Технические этапы обработки данных микробиома Использование ИИ и других алгоритмов при анализе микробиома